За да се создаде едно пермакултурно земјоделско стопанство потребно е соодветно дизајнирање. Пермакултурниот дизајн навистина бара добро познавање на природните циклуси и активности кои што секојдневно се случуваат во еден еко-систем.
Исто така, за креирање на еден одржлив систем кој може да биде многу разновиден и регенеративно да влијае врз животната средина потребно е придржување до одредени принципи.
Едни од главните принципи на пермакултурата се: набљудување на околината и нејзините процеси, складирање на енергија преку создавање на системи кои што можат да акумулираат одредени ресурси, фокус кон создавање на продукти со поголема вредност, максимално искористување на обновливи ресурси, производство без создавање на отпад, интеграција со природата преку користење на мали и бавни решенија при процесот на управување.
Дизајнирањето на стопанството се одвива преку создавање на зони со помош на елементи (куќи, штали, стакленици, посеви, насади, групи на растенија, водни тела и друго). Зонирање во пермакултура е начин на интелигентно организирање на дизајнерски елементи во човековата средина, врз основа на фреквенцијата на употреба и потребите на растенијата или животните. Често користените или одржувани елементи секогаш треба да бидат поставени во близина на куќата. Поретко користените елементи или елементи кои имаат поголема корист од изолацијата (како диви видови на растенија) се поставуваат подалеку од куќата. Зоните се нумерираат од 0 до 5. Принципот на зоната се базира на соодветно позиционирање на елементите во еден систем.
Зона 0
Куќа, или центарот на стопанството. Тука, принципите на пермакултура се фокусираат на намалување на потребите за енергија и вода, користење на расположливите природни ресурси, како што е сончевата светлина, и генерално е со цел да се создаде хармонична одржлива средина за живеење и работа.
Зона 1
Најблиската област до куќата, која се користи за поставување елементи на системот што бараат често внимание, или кои треба често да се посетуваат, како што се осетливи култури од (зелена салата, билки, овошје како јагоди или малини, стакленици). Во урбаните средини најчесто во зоната 1 се поставуваат подигнати леи.
Зона 2
Оваа област се користи за повеќегодишни растенија кои бараат помалку одржување или пак повремени контроли на плевелите или кастрење (грмушки од рибизла, овоштарници, тикви, сладок компир итн). Исто така, во оваа зона може да се компостира во поголеми количини.
Зона 3
Претставува област во која се одгледуваат главните – култури за домашна употреба и за трговија. По воспоставувањето, неопходната грижа и одржување се минимални. Активности како што се наводнување или контрола на плевелите кои се извршуваат можеби еднаш неделно (доколку веќе имаме имплементирано мулчирање и слични корисни методи).
Зона 4
Полу-дива област. Оваа зона главно се користи за производство на сточна храна и ресурси, на пример производство на градежно или огревно дрво.
Зона 5
Дива област. Нема човечка интервенција во зоната 5. Освен набудување на природните екосистеми и циклуси на природата. Во оваа зона се гради природен резерват на бактерии, мувла и инсекти, што може да им помогне на другите зони.
